1.个人独资公司和个体工商户两者的投资主体和财产所有权不同。个人独资公司只能是一个自然人进行投资，具有自给自足、自负盈亏的特点；上海注册个体工商户就可以个人进行投资经营，另外也可以家庭为单位进行投资经营。

2.个人独资公司和个体工商户两者的经营权不同。个人独资企业的投资人可以委托或聘用他人来管理公司事务，也就是说，个人独资公司的所有权和经营权是可以分离的；但是，个体工商户的投资者与经营者必须要是同一个人，也就是投资设立个体工商户的自然人。在两者的相比之下，个人独资公司的经营形式更为灵活一些。